Ратифицированным Протоколом, подписанным в Москве 4 апреля 2006 г., вносятся изменения и дополнения в указанное Соглашение, связанные с проведенными организационно-штатными мероприятиями и новыми условиями проведения испытаний и функционирования полигона Сары-Шаган, а также уточнен порядок определения статуса воинских формирований этого полигона.
В частности, Протокол излагает в новой редакции положения Соглашения, предусматривающие передачу Республикой Казахстан во временное пользование Российской Федерации на условиях аренды земельных участков с расположенными на них объектами движимого и недвижимого имущества полигона, а также движимым и недвижимым имуществом города Приозерска. Порядок землепользования арендуемых Российской Стороной земельных участков полигона устанавливается в соответствии с законодательством Республики Казахстан.
Положения Протокола учитывают присоединение 10 Государственного испытательного полигона (воинские части, дислоцированные на территории арендуемого у Республики Казахстан полигона Сары-Шаган) в качестве структурного подразделения к 4 Государственному центральному межвидовому полигону.
Кроме того, Протоколом закреплено положение о недопустимости произведения Российской Стороной на территории полигона геологической разведки и разработки полезных ископаемых. В свою очередь, Казахстанская Сторона имеет приоритетное право на приобретение новых видов вооружения и военной техники, прошедших испытания на полигоне.