Ратифицированный Протокол направлен на приведение положений Соглашения между РФ и Республикой Казахстан об условиях использования и аренды полигона Эмба в соответствие с новыми условиями аренды и использования Российской Стороной указанного полигона, проведенными организационно-штатными мероприятиями по объединению полигонов и изменением статуса названного полигона.
В связи с включением полигона в состав Государственного центрального межвидового полигона Министерства обороны РФ ему придается статус 5580 базы обеспечения испытательных работ. Допускается использование земельных участков и воздушного пространства полигона в интересах испытательных работ 929 Государственного летно-испытательного центра Министерства обороны РФ.
Изменены границы земельных участков, состав и перечень военных объектов и имущества Республики Казахстан, переданных в аренду РФ. Устанавливается новый, соответствующий казахстанскому законодательству, порядок пользования Российской Стороной арендуемыми земельными участками. При необходимости на Российскую Сторону возлагается проведение работ по рекультивации полей падения мишеней и ракет. Также вводится новый порядок оплаты арендуемых земельных участков.
Ратификация Протокола отвечает национальным интересам РФ, поскольку создает условия для дальнейшей полигонной отработки вооружения и военной техники, включая системы и элементы ПВО, и способствует укреплению добрососедских отношений, военного и военно-технического сотрудничества России и Казахстана.