Реестр представляет собой систематизированный свод документированных сведений о водных объектах, находящихся в федеральной собственности, собственности субъектов РФ, муниципальных образований, физических и юридических лиц и индивидуальных предпринимателей, об использовании водных объектов, о речных бассейнах и бассейновых округах. Форма реестра и правила внесения в него сведений, а также правила оформления регистрации в реестре утверждаются Министерством природных ресурсов.
В государственный водный реестр включаются данные государственного водного кадастра РФ по состоянию на 1 января 2007 г., ведение которого осуществлялось в соответствии с утрачивающим силу постановлением Правительства РФ от 23 ноября 1996 г. N 1403. В реестре осуществляется государственная регистрация договоров водопользования, решений о предоставлении водных объектов в пользование, перехода прав и обязанностей по договорам водопользования, а также прекращения договора водопользования. Сведения реестра носят открытый характер, за исключением информации, отнесенной к категории ограниченного доступа.
До 1 июля 2007 г. федеральные органы исполнительной власти обязаны безвозмездно передать Росводресурсам необходимые сведения для формирования реестра.