Субсидии, полученные государственным образовательным учреждением высшего профессионального образования в соответствии с заключенным с Рособразованием договором в качестве господдержки на внедрение инновационной образовательной программы, являются целевыми поступлениями для государственного образовательного учреждения высшего профессионального образования и на основании ст. 251 НК РФ не подлежат обложению налогом на прибыль организаций.
Об этом Письмо Минфина РФ от 21.09.2007 N 03-03-05/237.
В соответствии с п. 2 ст. 251 Налогового кодекса Российской Федерации при определении налоговой базы по налогу на прибыль организаций не учитываются целевые поступления (за исключением целевых поступлений в виде подакцизных товаров).
К целевым поступлениям относятся, в частности, суммы финансирования из федерального бюджета, бюджетов субъектов Российской Федерации, местных бюджетов, бюджетов государственных внебюджетных фондов, выделяемые на осуществление уставной деятельности некоммерческих организаций.
В соответствии с Порядком предоставления субсидий из федерального бюджета образовательным учреждениям высшего профессионального образования на внедрение инновационных образовательных программ, утвержденным Приказом Минобрнауки России от 09.06.2006 N 143, субсидии предоставляются Федеральным агентством по образованию в качестве источника целевого финансового обеспечения внедрения инновационной образовательной программы победителям конкурсного отбора образовательных учреждений высшего профессионального образования. Перечисление указанных субсидий осуществляется Федеральным агентством по образованию на основании договора о выделении субсидии на внедрение инновационной программы, заключенного между агентством и государственным образовательным учреждением высшего профессионального образования, которым установлены сроки, цели, условия предоставления средств федерального бюджета, перечень мероприятий по внедрению инновационных образовательных программ, а также порядок предоставления отчетов об использовании целевых бюджетных средств.
В случае если по условиям договора государственное образовательное учреждение приняло на себя обязательство по обеспечению софинансирования внедрения инновационной образовательной программы из средств, полученных им от платных образовательных услуг, то источником такого софинансирования может быть прибыль государственного образовательного учреждения, оставшаяся после налогообложения.