Пользование подземными водными является объектом обложения водным налогом, а водопользователи являются плательщиками водного налога в соответствии с гл. 25.2 ''Водный налог'' НК РФ на основании лицензий на право пользования недрами в целях добычи подземных вод, выданных как до 1 января 2007 г., так и после этого срока.
Об этом Письмо Минфина РФ от 12.10.2007 N 03-06-03-02/14.
Согласно п. 1 ст. 333.8 гл. 25.2 ''Водный налог'' Налогового кодекса Российской Федерации плательщиками водного налога признаются организации и физические лица, осуществляющие специальное и (или) особое водопользование в соответствии с законодательством Российской Федерации.
В соответствии с Водным кодексом Российской Федерации, действовавшим до 1 января 2007 г., нормативными правовыми актами, принятыми в его развитие, и Законом Российской Федерации от 21.02.1992 N 2395-1 ''О недрах'' специальное и (или) особое водопользование осуществлялось исключительно на основании лицензии. При этом пользование поверхностными водными объектами осуществлялось на основании лицензии на водопользование и договора пользования водными объектами, выдаваемых и заключаемых в соответствии с положениями Водного кодекса Российской Федерации, а пользование подземными водными объектами - на основании лицензии на пользование недрами для добычи подземных вод, выдаваемой в соответствии с требованиями Закона Российской Федерации от 21.02.1992 N 2395-1 ''О недрах''.
Водным кодексом Российской Федерации, вступившим в силу с 1 января 2007 г., отменена система лицензирования пользования поверхностными водными объектами.
Так, согласно ст. ст. 9 - 11 Водного кодекса право пользования поверхностными водными объектами приобретается на основании договора водопользования или решения о предоставлении водных объектов в пользование, т.е. в рамках договорных гражданских правоотношений. В соответствии со ст. 20 Водного кодекса за пользование водным объектом на основании договора взимается плата неналогового характера. В связи с этим п. 2 ст. 12 Федерального закона от 03.06.2006 N 73-ФЗ ''О введении в действие Водного кодекса Российской Федерации'' ст. 333.8 НК РФ дополнена пунктом , согласно которому не признаются плательщиками водного налога организации и физические лица, осуществляющие водопользование на основании договоров водопользования или решений о предоставлении водных объектов в пользование, соответственно заключенных и принятых после введения в действие Водного кодекса .
Специалисты Минфина отмечают, что данные положения Водного кодекса и Налогового Кодекса относятся к пользованию поверхностными водными объектами. Что касается пользования подземными водными объектами, то после вступления в силу Водного кодекса нормативная база взимания водного налога в отношении такого водопользования не изменилась, поскольку на основании ч. 3 ст. 9 Водного кодекса право пользования подземными водными объектами физические и юридические лица приобретают по основаниям и в порядке, которые установлены законодательством о недрах.